Hypospadien treten etwa 0,3 bis 3,8 pro 1000 Geburten auf. Es gibt regionale und nationale Unterschiede. 75% der Hypospadien liegen distal, d.h. an der Penisspitze oder am äußeren Penisdrittel. Die proximalen Hypospadien, d.h. wo die Harnröhre an der Peniswurzel, im Berech des Hodensackes oder gar im Dammbereich sind seltener. Hypospadien scheinen häufiger zu werden. Dies kann zum einen dadurch begründet sein, dass heute genauer geschaut wird oder andererseits tatsächlich die Häufigkeit zunimmt. Verschiedene Umweltgifte stehen in Verdacht, die Entstehung der Hypospadie im Mutterleib zu begünstigen. Diese Stoffe sollen den männlichen Sexualhormonen im Embryo entgegenwirken bzw. wie weibliche Sexualhormone wirken (antiandrogene und östrogene Wirksamkeit). Dazu zählen Dioxine, PCP, Furane, organochlorierte Pestizide (Pflanzenschutzmittel und Insektenvernichtungsmittel), Phyto-Östrogene (Soja), Antiepileptika, Kontrazeptiva in der Schwangerschaft („Die Pille“) etc. Leider sind die Forschungsergebnisse noch sehr widersprüchlich. Eine epidemiologische Studie aus Italien (Bianca et al., 2003) beschreibt ebenfalls industrielle und landwirtschaftliche Verschmutzung als Risikofaktor für die Entstehung der Hypospadie.